Das Gebäude hat einen Basilika-Grundriss mit drei Kirchenschiffen und einem durchgehenden Querschiff, das in drei Apsiden in unverfälschtem benediktinischem Stil endet. Das Querschiff besteht aus einem weitem dreigeteilten Saal mit zwei Querbögen, die das Quadrat des Gewölbekreuzes unterstreichen und durch Bögen miteinander verbunden sind, auf denen eine – jedoch niemals errichtete – Kuppel ruhen sollte. Nordischen Ursprungs hingegen ist die Empore, das erste Exemplar in Apulien. Der Innenraum ist mit zahlreichen Kämpferkapitellen, die als auf allen vier Seiten verzierte Pyramidenstümpfe gestaltet sind und byzantinische Stileme mit figurativen Einfügungen verwenden, sowie mit beckenförmigen Kapitellen verschönert, die Motive und Formen der Klassik mit denen aus Miniaturen anglonormannischer Miniaturen verschmelzen.
Unter dem gesamten Querschiff erstreckt sich die Krypta, die aus 36 Bögen mit Kreuzgratgewölben besteht, die auf Kapitellen ruhen, von denen einige räuberischen, byzantinischen oder hochmittelalterlichem Ursprungs sind, die meisten jedoch auf das 11. Jahrhundert zurückgehen und die verschiedene sowohl anikonische als auch darstellende Ziermotive zeigen. Im Hochaltarraum befinden sich in einem Steinaltar die Reliquien, aus denen seit Jahrhunderten die Manna tropft: Eine Flüssigkeit, die auch heute noch in Ampullen an die Gläubigen ausgegeben wird. Der gesamte Kirchenraum weist ein Bodenmosaik in opus sectile byzantinischer Prägung mit geometrischen Motiven auf. Der Außenbereich ist äußerst kompakt, mit seinen von Mauerkurtinen umschlossenen Apsiden sowie den zwei Türmen beiderseits der Fassade, die über eine fortlaufende Reihe großer Bögen mit den Armen des Querschiffes verbunden sind. Bemerkenswert sind die Verzierungen der Portale und der Vorhalle auf Säulen, die auf Säulen tragenden Löwen ruhen.
Das Gebäude, wie es sich heute zeigt, ist das Ergebnis einer Reihe von Restaurierungsarbeiten, die in den Jahren 1928 bis 1956 aufeinanderfolgten. Als Zeugnis der barocken Phase ist die monumentale Decke aus geschnitztem und vergoldetem Holz anzuführen, die Gemälde von Carlo Rosa mit Szenen über Leben und Wunder des Heiligen darstellen.
