La chiesa sorge a circa 3 Km. da Manfredonia ed è un mirabile esempio di architettura romanico-pugliese, con influssi islamici e armeni.
L'edificio, che si compone di due chiese sovrapposte, occupa una superficie quadrata di circa 18 m di lato. La chiesa superiore costituisce la Basilica vera e propria.
Sorge su fondazioni di epoca romana nella prima metà del sec. XI e fu profondamente rimaneggiata nel sec. XIII, mutandone tra l'altro l'orientamento originario; successivamente ebbe restauri (l'ultimo nel 1975), rifiniture e abbellimenti.
La facciata ha un portale di tipo pugliese (fine del '200) adorno d'intagli, con baldacchino sporgente impostato su due elementi zoomorfi e sostenuto da due colonne su leoni. Su ciascun lato vediamo due arcate cieche su colonne, con una decorazione a rombi che si ripete anche sul fianco destro della chiesa, interrotto da un'abside semicircolare spartita da tre arcate cieche su pilastri a scacchi.
L'interno (anch'esso restaurato nel 1975) è a pianta quadrata; lo spazio centrale è limitato da quattro pilastri, congiunti da archi ogivali su cui si imposta la cupola a sesto ribassato, terminata da una lanterna a otto archetti. Attorno gira l'ambulacro quadrilatero, che conserva su tre lati la primitiva decorazione di arcate cieche, secondo schemi analoghi a quelli delle chiese armene e dell'Asia Minore. La mensa dell'altar maggiore è costituita da un magnifico sarcofago paleocristiano; sopra, una copia della Madonna col Bambino nella Cattedrale di Manfredonia.
Attraverso una scala esterna lungo il fianco sinistro della chiesa si scende nella basilica inferiore, vasta quanto la Superiore, divisa da quattro poderose colonne, corrispondenti ai pilastri della cupola, e da 16 colonnine, in parte antiche, con capitelli romanici. A sinistra della chiesa gli scavi hanno messo in luce resti d'una Basilica paleocristiana, a tre navate con abside semicircolare e pavimento a mosaico.