Brindisi gode di un magnifico porto naturale che si incunea profondamente nella costa abbracciando il nucleo del centro abitato in una posizione geografica privilegiata che ne fa da secoli il porto più sicuro del basso Adriatico italiano. L'ansa portuale è la risultante dell'erosione da parte dei corsi d'acqua, oggi canale Cillarese e canale Palmarini-Patri con formazione di solchi vallivi confluenti, invasi successivamente dal mare.
Il porto naturale di Brindisi si articola su tre bacini: il porto interno, formato da due lunghi bracci che cingono la città a nord e ad est e che prendono rispettivamente il nome di “seno di ponente” e “seno di levante”; il porto medio, formato dallo specchio acqueo che precede il canale di accesso al porto interno (Canale Pigonati); il porto esterno, limitato a sud dalla terra ferma, a levante dalle isole Pedagne, a ponente dall'isola di Sant'Andrea e dal molo di Costa Morena e, a nord, dalla diga di Punta Riso.
Nel porto interno sono attive, nel seno di levante, undici banchine, per uno sviluppo di 1.925 metri lineari con fondali da 8,5 a 10 metri. Il porto medio è destinato principalmente alle attività commerciali mentre il porto esterno ha vocazione per lo più industriale. Il porto turistico è inserito nell'ansa più riparata e protetta del porto commerciale di Brindisi, nel Seno di Bocca di Puglia, tra l'Isola di S. Andrea e il castello di Forte a Mare nel porto medio.