La sezione archeologica del Museo si trova negli ambienti intorno al chiostro di San Benedetto. Qui sono esposti reperti che vanno dalla preistoria all'età romana, selci paleolitiche, strumenti litici provenienti dalle grotte di Conversano e Monopoli, selci neolitiche e dell'età del bronzo.
La sezione artistica, invece, si trova nei saloni di rappresentanza del Castello. Tra le opere qui esposte sono sicuramente da annoverare le grandi tele dedicate alla Gerusalemme Liberata, del pittore napoletano Paolo Finoglio: il più grande ciclo del Seicento italiano di argomento non religioso.