Il Museo è sorto tra il 1969 e il 1970. Al primo piano sono custoditi parametri sacri, piviali e stole ricamate in oro zecchino. Tra le opere di spicco ci sono gli affreschi della chiesa di San Leucio, un Crocifisso di scuola umbra del XIV secolo, l'Adorazione dei Pastori di Marco Pino, firmata e datata 1576. Nella sala dei Vescovi, sono esposti dipinti di ambito locale, esemplare la Flagellazione di Giuseppe della Porta (1693-1749).
Di grande interesse, nel lapidario romanico si trovano un pluteo a tarsie e il capitello a racemi di Gualtiero da Foggia; il percorso termina con uno dei pezzi più preziosi del Museo, un' icona lignea dedicata alla Vergine Odegitria (XII-XIII).