Il museo conserva reperti risalenti all’era della civiltà dei Messapi, che si insediarono nel territorio pugliese tra il VI e il III secolo a.C. A quel periodo appartengono i corredi funerari custoditi nel museo, tre tombe e vari tipi di "trozzelle" (vasi messapici). Nell’area sottostante il museo è visitabile uno scavo archeologico.