Il museo diocesano è ospitato nel settecentesco Palazzo Vescovile di piazza Duomo. Il museo conserva una serie di reperti di sicuro valore, provenienti da conventi e chiese soppressi e soprattutto dal tesoro dell’Archivio Capitolare.
Il museo si articola in diverse sale a cominciare dal salone detto degli stemmi dei vescovi. Fra le collezioni custodite dal museo di sicuro interesse le vesti indossate durante il suo incarico pastorale a Lucera dal vescovo Beato Agostino Casotti, che resse la diocesi fra il 1322 ed il 1323. Questi indumenti sono capolavori di arte tessile dell’epoca e si suppone che siano stati donati al vescovo croato dal re Roberto D’Angiò. I camici in lino con fregi in oro sono esempi di lavorazione artigianale di livello. Degne di nota le raccolte di opere pittoriche ricavate soprattutto da chiese e conventi soppressi nell’Ottocento come i conventi del Santissimo Salvatore, dei Sacramentini e di San Rocco: spiccano le tavole di età rinascimentale tra cui la Madonna delle Grazie tra i santi Giovanni Battista e Francesco d’Assisi dipinta da Carlo Tolentino e la Madonna della Pietà di Francesco da Torremaggiore. Fra gli altri reperti si conservano: una pisside del XII secolo, una del ‘500, un dittico duecentesco di scuola sulmonese e un armadio cappella del ‘700, vero capolavoro di arte ebanista capace di colpire l’attenzione dei visitatori con i suoi interni finemente decorati in oro.