Il Museo Civico di San Severo fu istituito nel 1989 nelle sale del settecentesco palazzo San Francesco, sede per secoli di una comunità di frati francescani.
Custodisce reperti archeologici rinvenuti nell’area dell'Alto Tavoliere e risalenti ad un periodo compreso dalla preistoria al medioevo.
La storia del territorio della piana dell'Alto Tavoliere rivive nei ristrutturati spazi del MAT attraverso percorsi didattici inediti che ripercorrono, con ricostruzioni dei suoi paesaggi antropizzati, l'evolversi della civiltà dauna.
La parte più cospicua della collezione museale è costituita dai reperti di età ellenistica: si tratta in massima parte di corredi funerari provenienti dalle tombe delle necropoli di Pendicone e dalla Masseria Casone (IV-III sec. a.C.). Si riferiscono invece al periodo romano le lucerne di età imperiale, i recipienti di vetro e i resti di vasi a ceramica rossa sigillata. 
Nelle sale del Museo è, inoltre, possibile visitare la "Pinacoteca Luigi Schingo", contenente trentasette opere di età moderna tra dipinti, sculture, studi e disegni del maestro sanseverese.