Das Museum entstand 1887 auf Betreiben des Archäologen L. Viola, der ein Museum über die Magna Graecia einrichten wollte. Heute beherbergt das Museum streng wissenschaftlich ausgerichtet die archäologische Dokumentation Tarents. Nach Ende der Umbauarbeiten (ab dem 20. Dezember 2007 können nur die Säle im ersten Stock wieder besichtigt werden) wird sich das Museum nach Zeitepochen (Vorgeschichte und Frühgeschichte - zweiter Stock - griechische und römische Epoche und Hochmittelalter - erster Stock) und thematischer Kontinuität strukturiert präsentieren. Tarent steht dabei immer im Mittelpunkt der gesamten Ausstellung. Über die Funde, die nach Herkunft oder Fundort zum Gebiet der Stadt gehören, zeigt sich ihre Geschichte, Entwicklung und Kultur. Eine wichtige Neuheit ist die Kontextualisierung der Funde nach dem Fundort, um so ein besseres Verständnis des rituellen und wirtschaftlichen Kontextes zu ermöglichen, in dem diese Gegenstände benutzt wurden.
