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La chiesa ed il convento di San Francesco costituiscono il complesso di maggiori dimensioni ed importanza dell’intero centro storico. Solitamente si individua il momento della sua costruzione con il passaggio di San Francesco a Taranto. Questo evento, di cui non si hanno notizie certe, è rappresentativo dell’importanza assunta dai francescani nella città, che scelsero proprio questi luoghi per insediarvi la loro prima comunità. Realizzato dunque con ogni probabilità nel XIV secolo, era originariamente composto oltre che dal convento, da una piccola chiesa.
Il convento, ristrutturato nella metà del XVII secolo, fu adibito nel corso dei secoli a diverse destinazioni d'uso: sede del Comune durante il Settecento, divenne in seguito sede delle truppe napoleoniche, col nome di Caserma Rossarol.