L'isola di S. Andrea sorge su una superficie calcarea piatta ad una altezza media di circa 2m s.l.m. Le sue coste rocciose presentano "habitat prioritari" sotto forma di steppe salate di salicornia e dell'endemismo Statice japigica (Limonium japigicum).
Di assoluta rilevanza internazionale è la presenza, unica lungo tutto il versante Adriatico e Ionico d'Italia, di una colonia nidificante del Gabbiano corso (Larus audonii), specie endemica del bacino del Mediterraneo. Il litorale di punta Pizzo comprende ambienti peculiari, che si armonizzano in un interessante mosaico ambientale composto da macchia mediterranea, pseudo-steppe mediterranee, ambienti umidi e acquitrinosi.
Questa estrema varietà di sistemi di ambienti si traduce nella presenza di diverse specie di flora che vanno da quelle della macchia mediterranea alta e bassa (corbezzolo, alaterno, erica arborea - ginestra spinosa, mirto, lentisco dafne, asparago spinoso) a quelle della gariga (rosmarino, timo, lentisco, erica arborea, ginestra spinosa) alla consistente vegetazione erbacea interna (orchidee, tra cui la rarissima orchidea italica, calendule, cardo santo, pratoline ecc.).
Si segnala la presenza di due rarissime leguminose arbustive: l'Anthillis hermanniaie, di cui Punta Pizzo rappresenta l'unica stazione della penisola salentina e l'Anagiride (Anagyris fetida).
In prossimità di aree umide quali il canale Li Foggi e le sue aree attigue di acquitrino si registra la presenza della rara Ipomea sagittata, che la sosta dell'avifauna acquatica durante le migrazioni.Osservazioni recenti hanno rivelato la possibilità di nidificazione del Cavaliere d'Italia.