Il parco archeologico è costituito dai numerosi reperti dell’antica città di Gnathia, situata in una posizione privilegiata sul mare e nell’antico asse viario di collegamento tra Bari e Brindisi.
La cinta muraria, probabilmente dell’era messapica, si snodava a semicerchio a protezione della città dall'entroterra, mentre successivamente si estese anche lungo la costa. Fuori dalle mura, la necropoli, detta occidentale, di epoca messapica, accolse le sepolture secondo riti diversi nei secoli.
All’interno delle mura, invece, sono state ritrovate alcune tombe pre-romane. Tra i corredi tombali scoperti, rinomati sono i vasi dipinti, internazionalmente come “ceramica di Egnazia”.
Ai piedi dell’acropoli si trova un sistema di portici che doveva affacciarsi su una grande piazza irregolare (agorà) e il centro monumentale della città formatasi successivamente all’epoca romana: la basilica civile, il sacello delle divinità orientali, il “cosiddetto” anfiteatro, il foro; mentre i nuclei abitativi con le strutture produttive annesse, si sviluppavano dall’altra parte della via Traiana, la principale arteria cittadina. Il museo è sito fuori dalle mura.