Der Archäologiepark besteht aus zahlreichen Funden aus der antiken Stadt Gnathia, die eine bevorzugte Stellung über dem Meer und auf der antiken Verbindungsachse zwischen Bari und Brindisi einnahm. Die Stadtmauern gehen wahrscheinlich auf die messapische Ära zurück und zog sich in einem Halbkreis landeinwärts um die Stadt herum, während die Verlängerung an der Küste zu einem späteren Zeitpunkt dazukam. Außerhalb der Mauern lag die sogenannte „westliche“ Nekropolis aus messapischer Epoche, in der über die Jahrhunderte hinaus Beisetzungen mit verschiedenen Riten stattfanden. Innerhalb der Mauern wurden einige vorromanische Gräber gefunden. Unter den in der Nekropolis gefundenen Grabbeigaben sind die bemalten Gefäße berühmt und international als “ceramica di Egnazia” – Keramik aus Egnazia - bekannt. Zu den Füßen der Akropolis befindet sich ein Portikus-System, das wahrscheinlich einmal um einen großen, unregelmäßig angelegten Platz (Agorà) und das Monumentalzentrum der Stadt herum lag, die nach der römischen Epoche entstanden sind: die Basilika, das Heiligtum der östlichen Gottheiten, das sogenannte Amphitheater, das Forum; während Wohngebäude und dazugehörige Werkstätten auf der anderen Seite der Via Traiana, der Hauptarterie der Stadt, lagen. Das Museum befindet sich außerhalb der Mauern.